Ngày 29 tháng 11 năm 2011, tại trụ sở Liên đoàn bóng đá Việt Nam tại Hà Nội, đại diện VFF cùng 25 Câu lạc bộ bóng đá chuyên nghiệp, gồm 14 Câu lạc bộ đang thi đấu ở V-League và 10 Câu lạc bộ đang thi đấu ở Giải bóng đá hạng nhất quốc gia Việt Nam, đã họp và đi tới thống nhất ký vào các văn bản theo thủ tục luật định để trình lên Sở Kế hoạch - Đầu tư Hà Nội xin cấp phép hoạt động cho VPF[6]. Đây được xem như Đại hội cổ đông thành lập VPF, với vốn điều lệ ban đầu là 30 tỷ đồng, trong đó Liên đoàn Bóng đá Việt Nam là cổ đông lớn nhất nắm giữ 35,4% vốn điều lệ; 14 câu lạc bộ tham dự Giải V-League đóng góp 54,6% vốn điều lệ và 10 câu lạc bộ bóng đá tham dự Giải hạng Nhất quốc gia đóng góp 10% vốn điều lệ.[7]

Ngày 07 tháng 12 năm 2011, Sở Kế hoạch đầu tư Hà Nội trao giấy phép hoạt động cho VPF.[8] Ngày 14 tháng 12 năm 2011, Đại hội đồng cổ đông lần thứ I của công ty đã bầu ông Võ Quốc Thắng là Chủ tịch Hội đồng quản trị, các ông Lê Hùng Dũng, Nguyễn Đức Kiên và Đoàn Nguyên Đức là Phó Chủ tịch.[9][10] Hội đồng quản trị công ty đã bổ nhiệm ông Phạm Ngọc Viễn làm Tổng giám đốc, hai Phó Tổng giám đốc là các ông Lưu Quang Lãm và Phạm Phú Hòa. Ông Trần Anh Tú được bầu làm lãnh đạo mới của Công ty cổ phần bóng đá chuyên nghiệp Việt Nam (VPF) tại Đại hội cổ đông nhiệm kỳ 3 (2017-2020) sáng ngày 3/12.